Lihat pula: Pemilihan umum legislatif Indonesia 1999

Pemilu 1999 menggunakan sistem proporsional dengan daftar stelsel tertutup dan diikuti oleh 48 partai politik, yaitu:

1. Parti Indonesia Baru
2. Parti Kristen Nasional Indonesia
3. Parti Nasional Indonesia - Supeni
4. Parti Aliansi Demokrat Indonesia
5. Parti Kebangkitan Muslim Indonesia
6. Parti Ummat Islam
7. Parti Kebangkitan Ummat
8. Parti Masyumi Baru
9. Parti Persatuan Pembangunan
10. Parti Syarikat Islam Indonesia
11. Parti Demokrasi Indonesia Perjuangan
12. Parti Abul Yatama
13. Parti Kebangsaan Merdeka
14. Parti Demokrasi Kasih Bangsa
15. Parti Amanat Nasional
16. Parti Rakyat Demokratik
17. Parti Syarikat Islam Indonesia 1905
18. Parti Katolik Demokrat
19. Parti Pilihan Rakyat
20. Parti Rakyat Indonesia
21. Parti Politik Islam Indonesia Masyumi
22. Parti Bulan Bintang
23. Parti Solidaritas Pekerja
24. Parti Keadilan
25. Parti Nahdlatul Ummat
26. Parti Nasional Indonesia - Front Marhaenis
27. Parti Ikatan Pendukung Kemerdekaan Indonesia
28. Parti Republik
29. Parti Islam Demokrat
30. Parti Nasional Indonesia - Massa Marhaen
31. Parti Musyawarah Rakyat Banyak
32. Parti Demokrasi Indonesia
33. Parti Golongan Karya
34. Parti Persatuan
35. Parti Kebangkitan Bangsa
36. Parti Uni Demokrasi Indonesia
37. Parti Buruh Nasional
38. Parti Musyawarah Kekeluargaan Gotong Royong
39. Parti Daulat Rakyat
40. Parti Cinta Damai
41. Parti Keadilan dan Persatuan
42. Parti Solidaritas Pekerja Seluruh Indonesia
43. Parti Nasional Bangsa Indonesia
44. Parti Bhinneka Tunggal Ika Indonesia
45. Parti Solidaritas Uni Nasional Indonesia
46. Parti Nasional Demokrat
47. Parti Ummat Muslimin Indonesia
48. Parti Pekerja Indonesia